為規(guī)范各級稅務(wù)機關(guān)的責(zé)任和權(quán)限，提高工作效率，《公告》對稅務(wù)機關(guān)內(nèi)部運轉(zhuǎn)程序予以明確，并提出了完成時限�！豆妗返谒臈l規(guī)定對備案人提報的資料齊全的，稅務(wù)機關(guān)要當(dāng)場在《備案表》上簽字蓋章，并將其中一份《備案表》交備案人留存；不齊全的，不予受理，并一次性告知備案人補正，待補正后再提交。同時，第五條和第六條規(guī)定主管稅務(wù)機關(guān)在受理備案30個工作日內(nèi)對備案事項進行調(diào)查核實、提出處理意見，并將全部備案資料以及處理意見層報省級稅務(wù)機關(guān)。
同時，《公告》第五條和第六條分別對屬于59號文第（一）項和第（二）項的非居民企業(yè)發(fā)生股權(quán)轉(zhuǎn)讓適用特殊性稅務(wù)處理的程序進行了明確。
（一）第五條規(guī)定，非居民企業(yè)發(fā)生股權(quán)轉(zhuǎn)讓屬于59號文第七條第（一）項情形的，直接向主管稅務(wù)機關(guān)備案即可。
�。ǘ⿲τ诜蔷用衿髽I(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓屬于59號文第七條第（二）項情形的，由于在實際操作中會存在被轉(zhuǎn)讓企業(yè)和受讓方在同一省和不在同一省或分別由國、地稅管轄的情況，《公告》分別進行了明確。
1．受讓方和被轉(zhuǎn)讓企業(yè)在同一省市且同屬國稅或地稅機關(guān)管轄的，按照《公告》第五條規(guī)定執(zhí)行。
2．受讓方和被轉(zhuǎn)讓企業(yè)不在同一省市或分別由國、地稅管轄的，為保證稅務(wù)處理的一致性，需要受讓方所在地省級稅務(wù)機將受理情況以書面方式告知被轉(zhuǎn)讓企業(yè)所在地省級稅務(wù)機關(guān)，并通過設(shè)計使用《非居民企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓適用特殊性稅務(wù)處理告知函》（簡稱《告知函》）規(guī)范告知內(nèi)容。
此外，對59號文第（一）項中“沒有因此造成以后該項股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得預(yù)提稅負擔(dān)變化”做出明確規(guī)定，即稅務(wù)機關(guān)在事后調(diào)查核實時，如發(fā)現(xiàn)此種股權(quán)轉(zhuǎn)讓情形造成以后該項股權(quán)轉(zhuǎn)讓所得預(yù)提稅負擔(dān)變化，包括由應(yīng)征稅的國家或地區(qū)轉(zhuǎn)讓到按稅收協(xié)定（含稅收安排）不征稅或低稅率的國家或地區(qū)，應(yīng)不予適用特殊性稅務(wù)處理。
四、明確對未分配利潤的處理
在實際操作中，對未分配利潤的處理存在以下問題：一是部分稅務(wù)機關(guān)在受理非居民企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓適用特殊性稅務(wù)處理備案時，因擔(dān)心失去對轉(zhuǎn)讓前股息所得稅的征稅權(quán)，僅僅因為被轉(zhuǎn)讓企業(yè)存在未分配利潤便判定其股權(quán)轉(zhuǎn)讓不具有合理的商業(yè)目的而不予備案；二是要求被轉(zhuǎn)讓企業(yè)在股權(quán)轉(zhuǎn)讓前將未分配利潤進行分配并扣繳股息所得稅。同時，各地對未分配利潤的征稅權(quán)也存在爭議。這些都需要總局明確，否則既影響非居民企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓適用特殊性稅務(wù)處理的正常備案，也加大了稅務(wù)機關(guān)的執(zhí)法風(fēng)險。
為此，為給非居民企業(yè)及時享受特殊性稅務(wù)處理提供稅收上的確定性，防范非居民企業(yè)利用重組避稅或延遲納稅，《公告》第八條規(guī)定：一是對被轉(zhuǎn)讓企業(yè)轉(zhuǎn)讓前后的未分配利潤進行區(qū)分；二是對轉(zhuǎn)讓方和受讓方不在同一國家（地區(qū)）的，被轉(zhuǎn)讓股權(quán)轉(zhuǎn)讓前的未分配利潤在轉(zhuǎn)讓后分配的，不享受稅收協(xié)定的優(yōu)惠稅率待遇。例如，某美國企業(yè)將其100%控股的中國居民企業(yè)的股權(quán)轉(zhuǎn)讓給其100%控股的某香港企業(yè)，中國居民企業(yè)在被轉(zhuǎn)讓后分配其轉(zhuǎn)讓前的未分配利潤給香港企業(yè)的，不能享受內(nèi)地與香港稅收安排對股息所得減按5%的優(yōu)惠稅率。
第八條還規(guī)定，對股權(quán)轉(zhuǎn)讓前的股息所得稅由被轉(zhuǎn)讓企業(yè)履行扣繳義務(wù)并到其所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報繳納。
五、其他事項
（一）對于實施時間，根據(jù)立法法和總局有關(guān)規(guī)定，自《公告》發(fā)布之日起施行。對實施之前發(fā)生的非居民企業(yè)股權(quán)轉(zhuǎn)讓適用特殊性稅務(wù)處理尚未處理的相關(guān)事項，可依據(jù)本《公告》規(guī)定執(zhí)行。
�。ǘ╆P(guān)于698號文的規(guī)定。鑒于對非居民股權(quán)轉(zhuǎn)讓適用特殊性稅務(wù)處理實行備案制，原698號文第九項規(guī)定的由省級稅務(wù)機關(guān)核準(zhǔn)的內(nèi)容應(yīng)廢止。故將698號文第九項同時廢止。
